O Hospício de Pedro II, criado pelo decreto nº 82, de 18 de julho de 1841, foi o primeiro estabelecimento no Brasil dedicado ao tratamento dos alienados. As obras de construção do edifício, que abrigaria o hospício, começaram em 5 de setembro de 1842, e prolongou-se por dez anos. Nessa etapa o tratamento aos alienados prosseguiu em duas casas contíguas à obra. Em 4 de dezembro de 1852 foi aprovado o decreto nº 1.077 que apresentava os estatutos do hospício e, no dia seguinte, o estabelecimento foi inaugurado com a presença do imperador Pedro II. A instituição começou a funcionar no dia 8 de dezembro de 1852 com 144 doentes vindos da enfermaria provisória da Praia Vermelha e do Hospital Geral da Santa Casa da Misericórdia do Rio de Janeiro. Com a proclamação da República o hospício foi desvinculado da Santa Casa, passando pelo decreto nº 142-A, de 11 de janeiro de 1890, ao controle direto do governo federal com o nome de Hospício Nacional de Alienados. A instituição constituía, juntamente com as colônias de alienados de São Bento e Conde de Mesquita, na Ilha do Governador, a Assistência Médica e Legal de Alienados, criada pelo decreto nº 206-A, de 15 de fevereiro de 1890, e regulamentada pelo decreto nº 508, de 21 de junho de 1890, como Assistência Médico-Legal de Alienados. Em 1903 Juliano Moreira foi nomeado para o cargo de diretor do Hospício Nacional de Alienados e da Assistência Médico-Legal de Alienados. Sua gestão promoveu uma ampliação nos quadros médicos da instituição, incentivando as discussões entre médicos e internos, como também estimulando a especialidade psiquiátrica e o magistério médico. Nesse período o hospício se tornou uma verdadeira escola de psiquiatria, formando médicos professores. O Hospício Nacional de Alienados, de acordo com o decreto nº 8.834, de 11 de julho de 1911, passou a ser denominado Hospital Nacional de Alienados, com nova regulamentação. Em 1927, pelo decreto nº 5.148-A, de 10 de janeiro, teve seu nome alterado para Hospital Nacional de Psicopatas. Juliano Moreira foi diretor da instituição até ser aposentado compulsoriamente pelo governo de Getúlio Vargas em 1930. O ano de 1944 assistiu ao esvaziamento do centenário prédio da Praia Vermelha, que se encontrava praticamente em ruínas, sem oferecer condições para o asilo adequado aos internos, que foram transferidos, nessa mesma data, para a colônia de Jacarepaguá. Suas instalações foram doadas para a Universidade do Brasil, atual Universidade Federal do Rio de Janeiro.

O Manicômio Judiciário do Rio de Janeiro foi criado pelo decreto n° 14.831, de 25 de maio de 1921. A instituição ficou sob a responsabilidade do Ministério da Justiça e Negócios Interiores até 1931, quando passou para a jurisdição do Ministério da Educação e Saúde Pública, conforme o decreto n° 21.110, de 16 de junho. Com a sanção da lei n° 6.568, de 24 de setembro de 1978, a União cedeu ao estado do Rio de Janeiro o prédio do manicômio e também a sua administração. Em 1955 a instituição foi denominada Manicômio Judiciário Heitor Carrilho e, em 1984, Hospital de Custódia e Tratamento Psiquiátrico Heitor Carrilho. O hospital foi oficialmente extinto no dia 20 de março de 2013, em consonância com a lei federal n° 10.216, de 6 de abril de 2001. No dia 8 de outubro de 2013 foi inaugurado o Instituto de Perícias Heitor Carrilho, com sede no pavilhão administrativo do antigo complexo do Manicômio Judiciário.